1、裂果
番茄裂果是一种常见的生理性现象，出现裂果的主要原因是水分失调，与品种也有较大关系。
预防措施：
一是品种选择。选择抗裂、枝叶繁茂、果皮较厚且较韧的品种。二是保持适宜的土壤干湿度。采用地膜覆盖或地面稻草覆盖栽培，维持较为稳定的土壤湿度，防止忽干忽湿。三是增施有机肥，改良土壤结构，提高土壤保水保肥能力。四是适度整枝摘心，保证植株枝叶繁茂，加强植株内多余水分的蒸腾，防止强光直射果实。五是大雨前及时采收番茄。六是在果实膨大期，喷洒综合型叶面肥，对防止番茄裂果有较好的效果。
2、早疫病
发病后叶面具同心轮纹状病斑，暗褐色，水渍状。
茎和叶柄、果实等发病后也有同心轮纹病斑，潮湿时病斑上有黑色霉状物。
防治方法：发病前后可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍稀释液，或75%百菌清可湿性粉剂400倍稀释液喷雾，每7天1次，连喷3-4次。
3、叶霉病
果实发病时蒂部周围有凹陷较硬的黑色病斑，叶片有不规则黄色病斑，潮湿时产生褐色霉层，使叶片枯黄、卷曲，然后脱落。
防治方法：发病前后可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍稀释液，或50%速克灵可湿性粉剂800-1000倍稀释液喷雾，每7天1次，连喷3-4次。
4、灰霉病
番茄灰霉病主要危害果实，也可以侵害叶片和茎等部位。
果实受害一般先从残留的花瓣、花托等处开始，出现湿润状，灰褐色不定形的病斑，逐渐发展成湿腐，从萼片部向四周发展，可使1/3以上的果实腐烂，病部长出一层鼠灰色茸毛状的霉层，此为病菌的分生孢子梗和分生孢子。
一般幼果发病较多，但即将转熟的大果也可受害，且常见整穗果实都发病受害。
叶片染病多从叶尖或叶缘开始，发生不定形的湿润状、灰褐色病斑，可造成叶片湿腐凋萎。茎部染病发生长椭圆形或不定形的长条状、灰褐色病斑，潮湿时亦长出灰色霉层，严重的可引致病斑以上的茎、叶枯死。
防治方法：开花期可在蘸花药液中加入0.1%的50%速克灵可湿性粉剂或50%扑海因可湿性粉剂，效果很好。也可对果实喷雾，但应注意轮换用药，防止病菌产生抗药性。还可用50%百菌清粉尘剂，每亩喷粉300克。
5、病毒病
病毒病是秋季设施番茄的突出病害，田间可因几种毒源混合侵染造成多种病毒病混合发生。
花叶型：叶片显黄绿相间或深浅相间的斑驳或略有皱缩现象；
蕨叶型：植株矮化、上部叶片成线状、中下部叶片微卷，花冠增大成巨花；
条斑型：叶片发生褐色斑、云斑或茎蔓上发生褐色斑块，变色部分仅处在表皮组织，不深入内部；
卷叶型：叶脉间黄化，叶片边缘向上方弯卷，小叶扭曲、畸形，植株萎缩或丛生；
黄顶型：顶部叶片褪绿或黄化，叶片变小，叶面皱缩，边缘卷起，植株矮化，不定枝丛生；
坏死型：部分叶片或整株叶片黄化，发生黄褐色坏死斑，病斑呈不规则状，多从边缘坏死、干枯，病株果实呈淡灰绿色，有半透明状浅白色斑点透出。
防治方法：采用遮阳网、防虫网降低棚温及阻隔粉虱、蚜虫、蓟马等传毒害虫；及时中耕，促进根系发育；根据植株及天气情况合理浇水，防止徒长；注意平衡施肥，防止早衰，增强抗病性；整枝打杈时先整健株后整病株，接触过病株的手要用肥皂水洗净；适时采用色板、药剂防治传毒害虫。发病初期可用20%病毒A可湿性粉剂500倍稀释液，或病毒灵800倍稀释液喷雾，每7天1次，连喷2-3次。
6、晚疫病
受害叶柄和主茎呈黑褐色腐烂，幼苗萎蔫倒伏，病斑从叶尖叶缘开始，潮湿时有白色霉状物，干燥时干枯，病斑由浅褐色转为暗褐色，水渍状或云纹状，稍凹陷，病果坚硬。
防治方法：发病时可用40%疫霉灵可湿性粉剂300400倍稀释液喷雾，每7天1次。也可用粉尘法防治，即用喷粉器喷5%百菌清复合粉剂，每亩每次喷1公斤，傍晚喷施。
7、脐腐病
该病一般发生在果实长至核桃大时。最初表现为脐部出现水浸状病斑，后逐渐扩大，致使果实顶部凹陷、变褐。病斑通常直径1-2cm，严重时扩展到小半个果实。
在干燥时病部为革质，遇到潮湿条件，表面生出各种霉层，常为白色、粉红色及黑色。这些霉层均为腐生真菌，而不是该病的病原。发病的果实多发生在第1、2穗果实上，这些果实往往长不大，发硬，提早变红。
防治方法：发病时可根外追施1%过磷酸钙或0.1%硝酸钙，每10天1次，连喷2-3次。
8、斑枯病
为害叶片、叶柄、茎、花萼、果实。叶片发病时呈水渍状，病斑近圆形，中央灰白色，边缘暗褐色，稍凹陷，如鱼目状，后散生黑色小点，易穿孔。叶柄、茎和果实都可散生小黑点。
防治方法：发病初期可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍稀释液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍稀释液喷雾，每7天1次，连喷3-4次。
9、青枯病
一般从坐果期开始发病，中午萎蔫，傍晚恢复正常，2-3天后枯死。
防治方法：用可湿性粉剂600倍稀释液喷雾，也可用200毫克/升的农用链霉素灌根，每株0.5公斤，7天1次，灌3-4次。
豫公