农业防治。1、培养无病苗木，猕猴桃育苗在多年种植禾本科植物的无病地进行。施肥以充分腐熟厩肥或饼肥为主。黏重土增施有机肥外，有条件时，掺沙子。沙土地除增加有机肥外，掺黏重土改良。PH值大于8时，不能栽培，须经改良后使PH值呈中性或弱酸性后再栽培。2、在新建园时，清除土内所有植物残体。3、猕猴桃需水又怕涝、耐湿性弱，在高温季节要采用合理灌溉方式，切忌大水漫灌或串树盘灌，可从水渠分别引入。有条件的，可用喷灌或滴灌，灌水要均匀，防积水时间过长，影响根系呼吸。4、地下水位高，地势低洼，排水不良的果园，在长时间降雨或大雨后，要及时开沟排水，降低田间湿度，增加土壤透气性。5、合理栽植深度。猕猴桃无主根，而须根发达，若栽植过深，一是根系呼吸受阻，活力下降，易受病菌感染；二是嫁接口外易积水易让病菌侵入。6、合理负载。有些因留果过多或使用大果灵，使果树严重超载，引起树势衰弱，抗性下降。
化学防治。对已感病的成龄果园，可用0.8％菌立灭300倍或40％多菌灵400倍灌根，每树灌2－3公斤药液，每隔15天灌一次，连灌2－3次，均能抑制根腐病和提高猕猴桃单株产量。
豫公