辣椒的连作大多和我们的施肥有关，化肥使用过量，粪肥使用不完全或不彻底，再加上蔬菜对土壤中微量元素的消耗，中微量元素补充不足，造成土壤有机质减少，酸化严重，微量元素缺乏，有害细菌增多，严重影响植物根系生长结果。长期连作改变了土壤中无机养分的组成，经常发生钙、镁、硼、铝、锰、铁等微量元素的缺乏，导致辣椒黄叶、花叶、卷叶、落花落果，直接影响产量。
连作会降低土壤有机质含量、土壤孔隙度、透气性差，影响根系发育和吸收，从而影响产量和品质，物理防治可以利用辣椒大棚进行高温闷棚，露地种植也可以利用小棚覆盖闷地。对连作土壤中的疫病、炭疽病等病原菌有很好的杀灭效果。化学防治目前市场上有很多抗重茬剂、微生物菌剂、抗重茬肥，成分各不相同，它主要是杀菌剂、微量元素、微生物等。
目前市场上的抗重茬剂有很多，主要是杀菌剂、微量元素、微生物等。根据辣椒的生长情况，根据辣椒的不同生长期选择不同的农药。定期防治，同时为了增加辣椒的生长，喷洒植物生长调节剂，如油菜素内酯，(碧湖)加磷酸二氢钾。十天喷一次。提高辣椒的抗病能力。移栽时还可以用微生物菌剂灌根，乙蒜素杀菌剂改良土壤，抑菌，治菌。
对于死树较差的大棚，可以灌溉后封闭大棚，70℃以上高温封闭半个月，再种上生物菌肥。对于重死树，可以用石灰氮等化学药剂熏蒸土壤进行消毒，熏蒸完棚后再使用生物菌肥，总的来说，辣椒连作容易造成土壤板结，病情加重，对辣椒生长不利。因此，科学的轮作非常重要，可以采取一些有效措施来预防连作病害。
重茬问题是困绕农户的一大难题，随着生物技术的发展，被逐渐攻克。要解决好重茬，做好以几点:
1、把土壤进行深耕细作，同时投入足够量的有质菌肥。
2、用枯草芽孢杆菌进行辣椒育苗处理。
3、是植时用恶霉 灵十枯草芽孢杆菌灌根，十五天左右再灌一次。
这样可有效预防青枯，茎腐，根腐等病害的发生。
豫公