辣椒苗烂根有两种可能性：
土壤水分过多，导致植株沤根。
根系病害，使用的育苗土壤或者移栽的地块含有病菌，导致辣椒育苗期或者移栽后受到侵染。导致辣椒烂根的首要病害的根腐病。
针对以上问题的解决方法：
苗期育苗注意控水，移栽后也要留意田间是否有积水。
育苗土在使用前需要在阳光下闷晒至少一个月，是天气情况及温度决定。夏季闷晒一个月即可，而冬季需要2-3个月不等。而栽培的辣椒地块在移栽前需要撒上石灰，充分整地翻晒。或者与水稻和其它作物进行轮作，以减轻地块的病菌数量。
大辣椒烂根是得了根腐病了。根腐病，是由于根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，最后全株死亡。主要表现为整株叶片发黄、枯萎。一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期。
精选品种：选好并整好育苗地块。选择优质品种，并对种子进行浸种+ 种衣剂处理，并适期播种。
2种子、插穗消毒：播种前，种子可用种子重量的粉锈宁拌种，或用采法特磷酸二氢钾浸种；插穗基部也可用同样浓度浸1小时后扦插。
3苗床土壤消毒，可使用甲霜恶霉灵、多菌灵等进行土壤消毒，且可兼治猝倒病、立枯病。
4田间管理:①精耕细整土地，悉心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，保证不积水沤根，施足基肥。②定植后要根据气温变化，适时适量浇水，防止地上水分蒸发、苗体水分蒸腾，隔绝病毒感染。③分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施磷肥，增强植株营养匹配功能，使果蒂增粗，促植株健康生长，增强抗病能力。
5药剂防治。可使用铜制剂或甲霜恶霉灵进行防治
发病时：可用甲霜恶霉灵或铜制剂进行灌根。
6及时防治地下害虫和线虫的危害。
一、辣椒烂根原因
辣椒出现烂根现象多是因为辣椒患了根腐病。辣椒根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，最后全株死亡。雨量大，排水不好，根系活力下降，形成沤根，植株遮闭密度大、地势低洼、潮湿以及施用未腐熟的土杂肥，均会造成烂根、死棵。
二、烂根症状
辣椒烂根由根腐病造成，其发病部位仅局限于根茎及根部，主要危害茎基部及维管束，病株地上部位表现部分分枝和叶片变黄萎蔫，白天枝叶萎蔫，但叶片不脱落，傍晚至次日清晨恢复，反复几日后枯死。根茎部及根部皮层呈水渍状、褐腐，植株很容易拔起，仅剩少数粗根。
豫公