辣椒的贮藏一方面不能低温，容易引起冷害，表现为辣椒出现水浸状软烂或呈现脱色圆形水烂斑点进而被病菌浸染而腐烂，另一方面辣椒适宜的8~12℃贮藏温度较高容易滋生病菌，所以辣椒的耐贮性不好，保鲜工作有难度。
一般皮色黑绿、皮厚、辣味足的晚熟品种较耐贮，其抗病性强、水分散失少。此外，辣椒对乙烯很敏感，乙烯能够刺激其转红成熟，消除乙烯也是辣椒贮藏保鲜的重要工作。
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辣椒的其他保存方法：
1、埋藏法。在贮藏窖或室内，先铺6—9厘米的干沙子，摆放20—30厘米厚的无病、无虫、无机械损伤的辣椒，再铺放9—12厘米的沙子。
如此堆放1—3层。也可用筐或木箱装辣椒，离箱、筐上口5—7厘米处覆盖湿润的泥沙。把筐、箱堆4—5层，在最高层覆盖30厘米厚湿润的泥沙。窖或室内保持贮藏适温，可贮藏50—60天。
2、窖藏法。选土质坚实、地势高燥的地块，挖地下窖。窖壁要坚实，底垫砖块，窖口用塑料薄膜封闭，防止雨淋和冻害
新鲜辣椒在保鲜冷库储存1-3个月。在保鲜冷库内辣椒会被低温抑制体内微生物生长，减少新陈代谢速度腐烂率，提升辣椒的保鲜期。辣椒冷库适宜保鲜温度在8℃~12℃，相对湿度90%-95%左右，温度幅度上下不得超过2度。否则容易发生冷害也会减少辣椒冷库保鲜期。
辣椒保鲜方法：
1、采摘辣椒：种植辣椒的会有很多品种，在采收时要注意吩咐好员工带好手套，减少对辣椒表皮的损伤，采收上或者傍晚，避开高温、阴雨天气采收。
2、预冷辣椒：采收后的辣椒统一放置在阴凉处进行预冷，如没有预冷间的可以放置在仓库内进行简单的预冷，在2-8小时以内。
3、挑选辣椒：在预冷时要进行辣椒挑选，将有病变、损伤、虫咬等不好的辣椒剔除，以免在保存时影响到其他。
4、准备入库：挑选后的辣椒就要整理装篮准备保鲜冷藏了，先进先出，合理堆垛，辣椒与辣椒直接留出合适的贴库板，使辣椒可以充分感受到冷量，在保鲜期间也要经常观察辣椒的保鲜效果，时刻注意冷库温度变化。
豫公